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La tecnología permite a los investigadores estudiar la arquitectura cromatina de niveles superiores mientras conservan el contexto espacial de las células en los tejidos, combinando dos enfoques. Estos métodos consisten en el código de barras espacial microfluídico, que utiliza pequeños canales de líquido para asignar identificadores moleculares a distintas ubicaciones del tejido y determinar dónde ocurren interacciones cromáticas específicas, y en estrategias de detección de contacto sin ligación similares a SPRITE, que identifican interacciones entre regiones de la cromatina sin unir físicamente los fragmentos de ADN.
La investigación se publicó en el revista .
Más allá de las interacciones de cromatina a corta distancia
En los últimos años, las tecnologías de genómica 3B de célula única han registrado avances en la comprensión de la conformación de la cromatina. Sin embargo, como estos métodos no logran conservar la posición espacial de las células dentro de los tejidos, dificultan el estudio de cómo la arquitectura del genoma regula la expresión génica en los ambientes celulares naturales.
En los últimos años, las tecnologías de genómica 3D espacial han adoptado estrategias Hi-C basadas en liganción, que detectan principalmente interacciones de cromatina a corta distancia dentro de un radio de 10 megabases (Mb).
Para eliminar estas limitaciones, los investigadores aplicaron SpaceA a nueve cortes de embriones de ratón que abarcan cuatro etapas de desarrollo que van desde el día 11,5 hasta el día 14,5 embrionario (E11.5-E14.5) y generaron aproximadamente 4 TB de datos de secuenciación profunda para caracterizar los cambios en la conformación de la cromatina durante el desarrollo embrionario.
Desplazamientos de la cromatina durante el desarrollo embrionario
Los investigadores descubrieron que, utilizando SpaceA, los compartimentos de A/B experimentan un cambio dramático desde E12.5 hasta E13.5, y que esto ocurre simultáneamente con profundos cambios transcriptómicos.
El equipo también descubrió un mecanismo de formación de cromatina diferente en el hígado embrionario, que funciona de forma independiente a la determinación de la división clásica A/B. Mientras las interacciones a distancia media (10-40 Mb) aumentaban de forma significativa, las interacciones entre subdivisiones vecinas se reforzaron y las interacciones entre cromosomas a larga distancia (>40 Mb) se debilitaron.
La microscopía reveló la unión del heterocromatina en los núcleos de las células hepáticas, proporcionando evidencia adicional sobre esta distinta arquitectura de la cromatina; esta estructura se observó acompañada de una disminución global en la expresión génica. Este patrón difiere del modelo clásico, en el que la expresión génica se ve impulsada mediante el cambio en la división A/B o mediante interacciones intrabrimas.
Yuang Ma y colaboradores, “Arquitectura del genoma resuelta espacialmente en el desarrollo embrionario del ratón”, (2026). DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004
Proporcionado por la Academia de Ciencias de China
Swati Mestri posee un título de licenciatura en Ingeniería Electrónica y trabaja como editora de contenido desde 2019. Cuenta con experiencia en la edición de documentos de investigación en los campos de la tecnología, la salud y la ciencia de materiales, mostrando un interés especial por los temas relacionados con la tecnología y el espacio.
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